Ungleich wichtiger als dieses nur verbesserte Werk ist das, was er dem Pfarrarchiv Großjena hinterlassen hat. Es sind zwei eng beschriebene Chronikbände, betitelt: “Verschiedene Nachrichten und vorgefallene Merkwürdigkeiten in dem Pfarramte Großjena und Schellsitz 1749″, von denen der erste 686 und der zweite 640 Seiten umfaßt. Bauer hat sich mit dieser Arbeit, die viele Jahre seines Lebens in Anspruch nahm, unvergängliches Verdienst um beide Gemeinden erworben. Und wenn auch zuweilen ein leises Selbstlob durch seine Zeilen klingt, so ist es doch nicht so lieblos zu werten, wie es einer seiner Amtsnachfolger C. B. Schoch auffaßte. Die Randbemerkungen Schochs kennzeichnen vielmehr den Charakter eines Amtsbruders, der aus eigenr Trägheit auf den Fleiß seines Vorgängers neidisch war. Aus denselben Gründen hat wohl auch Schoch, wie er selbst schreibt, “wichtige Ursachen willen Band 3 und 4 aus dem Wege geräumt”. Die Nachwelt muß das eigenmächtige Vorgehen Schochs aufs tiefste bedauern, da er damit wertvollste Geschichtsquellen vernichtete und nicht den letzten Willen Bauers ausführte, der “mit allem Ernst” verfügte, daß seine Bücher dem Archiv der Superintendentur Zeitz einverleibt werden sollen. Als Entschuldigung für Schoch mag gelten, wie auch andernorts liebloses Splitterrichten unter den Geistlichen seiner Zeit gang und gäbe war. So enthält auch das gewichtige Kirchenmanual von 1668 – 1680, das der Bürgermeister Lippach für den Kirchen- und Gotteskasten von St. Wenzel in 800 Seiten engbeschriebenem Großfolio hinterließ, die niedrigsten Anfeindungen Lippachs durch den Oberpfarrer Bertram.
Die Quellen zu Bauers Werke waren lose Kirchenberichte, die er, wie Schoch schreibt, aus der Zeit vor 1673 vernichtet hat. Wer weiß jedoch, ob diese einzelnen Nachrichten heute noch vorhanden gewesen wären, wenn sie Bauer nicht in seinen Büchern zusammengefaßt hätte. So aber bilden sie einen Schatz des Großjenaer Pfarrarchivs.
Um nur ein klein wenig zur kulturgeschichtlichen Würdigung von Bauers Arbeit zu geben, die wohl wegen des wüsten Durcheinanders der Aufzeichnungen meines Wissens noch nicht benutzt ist, sei es gestattet, einige Nachrichten daraus auszuwerten.